Kaupungin sydämessä sijaitseva Jaani-kirkko valmistui vuonna 1816 arkkitehti Chr. Haberlandin projektin mukaan ja on ainoa kirkko Virossa, jossa on ovaalinen pohjapiirros. Kirkon 1867 valmistuneet urut ovat säilyneet alkuperäisinä ja se on Viron ainoa säilynynyt Friedrich Ladegastin rakentama soitin. Tilaavassa ja valoisessa kirkonsalissa on myös erittäin hyvä akustiikka.Hyvä tietää: *Kirkon urut kuuluvat Euroopan 200 parhaimpien urkujen joukkoon; *keskipäivällä ja keskiyöllä kuuluu kirkon kellotornista musiikkia.
Värskan ortodoksisen, korkearakenteisen maakivikirkon nimipyhimys on Pyhä Yrjänä (lat. Georgius eli vir. Jüri). Kirkon tärkein juhla on keväinen, Setomaalla 6.5. vietettävä Yrjänänpäivä, joka huipentuu iltapäivän kirmaskiin eli kyläjuhliin. Kirkko rakennettiin 1900-luvun alussa kansan keräämillä rahoilla. Sen tiloissa on säilynyt alkuperäinen ikonostaasi eli ikoniseinä, jonka helmi on 1600-luvulla maalattu puinen Pyhän Yrjänän ikoni. Kirkon sisustuksessa on käytetty paljon paikallisia käsityötekstiilejä. Kirkkoa ympäröivällä hautausmaalla lepää useita keskeisiä Setomaan kulttuurihenkilöitä.
Tarton 1300-luvun goottilaistyylinen Johanneksenkirkko on yksi Viron vanhimmista kirkoista, ja se erottuu ainutlaatuisista terrakottaveistoksista, joita pidetään harvinaisina koko Euroopassa. Kirkossa oli alun perin yli 1000 käsintehtyä terrakottaveistosta, joista noin 200 on säilynyt. Jokainen veistos on ainutlaatuinen, minkä vuoksi on arveltu, että ne saattavat kuvata Tarton silloisia asukkaita tai muita tärkeitä henkilöitä. Johanneksen kirkon tornista avautuu upea näkymä koko Tarton historialliseen vanhaankaupunkiin. Tornissa on 2 pronssikelloa, Pietari ja Paavali. Joka kuukauden viimeisenä sunnuntaina kirkossa on englanninkielinen jumalanpalvelus!
Rauhallisesta Elvan kaupungista löydät historiallisen, punaisesta tiilestä rakennetun kirkon (arkkitehti Arved Eichom), joka on ensimmäinen Viron Tasavallassa rakennettu uusi jumalanhuone. Välillä toimi Tartu Jaani seurakunta Elva kauppalassa. Sen takia Elva kirkko muistuttaa jonkin verran Tartun Jaani kirkkoa, esim. harvinainen rappauksesta ja tiilistä ruusuikkunajäljennös kirkon länsiseinällä on viittaus nykyaikaiseen ruusuikkunaan, joka on myös Tartu Jaani -kirkossa.
Legenda kertoo Roosan kartanon omistajasta, joka oli merihädässä ollessaan luvannut rakentaa kirkon pelastuttuaan. Pelastuttuaan onnellisesti hän pitikin lupauksensa ja vuonna 1735 Roosa sai ensimmäisen kirkkonsa. Nykyinen kirkko on jo kolmas Roosassa, valmistunut vuonna 1893. Massiivisissa luonnonkiviseinissä on kaari-ikkunat ja tiilikoristelu. Neliskanttisessa tornissa on kolmiokoristeet. Alttarikuva on kopio Rõugen Maarjan kirkon alttarikuvasta ”Kristus ristillä”. Urut ovat Kriisan veljesten ensimmäiset kirkkourut vuodelta 1900.
Ensimmäinen vanhauskoisten rukoushuone sijaitsee Kükitalla – 14. syyskuuta 1740 vihittiin käyttöön Kükitan rukoushuone. Sodan aikana vuonna 1812 vanhauskoiset lahjoittivat Kükitan rukoushuoneen kasakoille. Vuonna 1833 oli Kükitan seurakunnan kirjoilla yhteensä 397 vanhauskoista. Nykyinen rukoushuone rakennettiin vuonna 1948 toisessa maailmansodassa tuhoutuneen rukoushuoneen tilalle. Vanhauskoiset pitävät jumalanpalveluksia joka sunnuntai ja kaikkina pyhinä, kuten jouluna, pääsiäisenä ja loppiaisena.
Viron evankelis-luterilaisen kirkon Urvasten Pyhän Urbanuksen kirkko Võrumaalla on yksi vanhimmista ja ainutlaatuisimmista maakirkoista. Ensimmäiset kirjalliset merkinnät siitä ovat vuodelta 1413, joten sen ensimaininnasta on kulunut 600 vuotta.Nykyinen kirkko on goottilaistyylinen kolmilaivainen basilika ja vihitty 5.9.1889. Tältä aikakaudelta on myös kirkon koko sisustus. Urut ovat Kriisan veljesten rakentamat vuonna 1938 ja kirkonkellot vuodelta 1832.Uhtjärven rannalle pystytetystä National Geographicin keltaisesta ikkunasta avautuu lumoava näkymä Urvasten kirkolle ja Uhtjärven laaksoon. Ikkuna merkitsee paikan yhdeksi Etelä-Viron 21 löytämisen arvoisesta paikasta, jossa vierailua suositellaan.
Vuonna 1845 perustettiin Tartossa Viron ortodoksinen seurakunta ja pappi Joseph Shestakovskin (1856-1888) aloitteesta ryhdyttiin rakentamaan ortodoksista kirkkoa. Tarton Pyhän suuren kärsijä Georgin (Jyrin) kirkko valmistui seurakunnan jäsenten vapaaehtoisten lahjoitusten avulla, ja se vihittiin juhlallisesti käyttöön marttyyri Georgius Voittajan kunniaksi Riian ja Jelgavan piispa Benjaminin siunauksella vuonna 1870.